Podstawą metody Vojty jest praca na globalnych wzorcach odruchowej lokomocji i pobudzanie mózgu do aktywności w celu uruchomienia zakodowanych wzorców ruchowych.

Automatyczne sterowanie postawą ciała związane jest bezpośrednio z prawidłowym napięciem mięśniowym. Terapia wpływa na wzorce postawy dziecka umożliwiając mu osiągnięcie nowych funkcji oraz doskonalenie już istniejących. Od prawidłowej postawy, czyli znormalizowanego i równomiernego napięcia mięśniowego uzależniony jest rozwój tych funkcji np. chodzenia, ruchu gałek ocznych. Szczególny wpływ na prawidłowe napięcie mięśniowe mają modele rozwojowe wykształcone w pierwszym roku życia.

Odruchowa lokomocja wyzwalana jest przez konkretny bodziec i opiera się na wrodzonych wzorcach ruchowych. Aby sięgnąć np. po zabawkę potrzebujemy prawidłowej dystrybucji napięcia mięśniowego. Jeżeli ta dystrybucja będzie nieprawidłowa uniemożliwi nam osiągnięcie celu. Rozwój ruchowy zakodowany jest genetycznie i uruchamiany jest przez mechanizm zwany ideomotoryką, czyli potrzebę osiągania różnych celów za pomocą lokomocji. Vojta opracował pozycje tzw. strefy stymulacji pozwalające na wyzwalanie mechanizmów lokomocji takich, które występują w przypadku prawidłowego rozwoju dziecka. Stanowią one tzw. podstawowy program ruchowy, wyzwalane są w jakości odpowiadającej idealnemu modelowi rozwoju motorycznego. Terapia Vojty, niezależnie od wieku dziecka pozwala na wywoływanie wszystkich mechanizmów składających się na prawidłowy rozwój, a w przyszłości na prawidłową lokomocję.

Do pobudzania centralnego układu nerwowego Vojta wykorzystuje prioprioreceptory, czyli receptory czucia głębokiego. W praktyce polega to na ułożeniu dziecka w ściśle określonej pozycji, utrzymanie jej przez pewien czas oraz pobudzaniu tzw. stref stymulacji, po uzyskaniu oczekiwanej reakcji ruchowej zastosowanie odpowiedniego oporu. Bezwzględnym warunkiem uzyskania prawidłowej reakcji ze strony centralnego układu nerwowego dziecka jest bezbolesność działania terapeuty oraz rodziców w trakcie stymulacji. Niezachowanie tej zasady powoduje włączenie się receptorów bólu, czyli nocyreceptorów co powoduje nie docieranie potrzebnych bodźców z receptorów czucia głębokiego do mózgu i w konsekwencji nie zostaną wywołane pożądane reakcje.

Efektem terapii jest prawidłowy rozwój, a jeżeli mimo wszystko dojdzie do patologicznego rozwoju (np. w mózgowym porażeniu dziecięcym) to jego rozmiary i skutki będą możliwie najmniejsze. Konieczność możliwie najwcześniejszego wprowadzenia terapii związana jest z plastycznością mózgu, która największa jest w pierwszych miesiącach życia dziecka. Najlepszy okres dla jej rozpoczęcia to pierwsze trzy miesiące życia. Warunkiem niezbędnym do odniesienia maksymalnego efektu jest świadomość rodziców o istniejącym problemie w rozwoju własnego dziecka oraz przekonanie o konieczności rozpoczęcia i prowadzenia terapii.